对于细胞死亡，找到这一问题的根源可能非常具有挑战性，而且会耗费大量的时间，但如果勤于进行适当的记录，细胞培养中的细胞死亡问题是可以诊断和避免的。
细胞死亡主要发生于两种形式：被动的和程序化的。被动的细胞死亡或坏死，是一个非ATP依赖的进程，突发和严重的环境胁迫导致细胞肿胀，最终裂解。相比之下，程序性细胞死亡是ATP依赖的。其中一种形式，凋亡，可以外部和内部触发，导致细胞收缩、胞质钙离子浓度增加和膜起泡。另一种程序性细胞死亡形式，自噬，是通过细胞溶酶体系统降解和循环利用细胞组分，从而正常促进细胞存活的进程。然而，在极端条件的胁迫下，自噬可以导致细胞死亡，其特点是囊泡的存在。这些囊泡包围线粒体、内质网和核糖体，然后将其递送到溶酶体系统。最新研究表明，凋亡和坏死是十多种细胞死亡形式的两个极端，而且这两种进程之间存在大量交互作用。
细胞死亡术语：
失巢凋亡：贴壁细胞中的凋亡，由于缺乏基质互作导致的，可能是一个主要的抑癌机制。
凋亡，外在途径：胞外信号诱导的程序性细胞死亡，起始于跨膜受体(包括FAS)的连接反应。
凋亡，内在途径：程序性细胞死亡，可能依赖或不依赖caspase，特征是线粒体膜电位的改变。
自噬细胞死亡：细胞质液泡化，伴随胞质内容的无差别分解代谢。
铁死亡：铁依赖、非凋亡、氧化细胞死亡，由半胱氨酸吸收激发的。
坏死性凋亡：坏死的程序性形式，特征表现为当caspase-8被抑制时，TNFR1通过RIP1进行信号传递。
依赖性细胞死亡：通过过量的聚合酶活性消耗ATP和NAD+。
部分拆除/角化：细胞结构和功能的永久性修饰，通常依赖于caspase。比如红细胞摘除术、晶状体纤维的形成和表皮细胞角质化。
细胞焦亡：炎症条件下，caspase-1介导的凋亡，是机体一种重要的天然免疫反应，在抗击感染中发挥重要作用。
继发性坏死：凋亡发生后的坏死，通常见于细胞培养过程。
细胞死亡评估
对培养器皿进行仔细的显微镜观察可能发现明显的细胞死亡，表现为细胞圆锯齿状、气泡和存在于部分细胞鬼影或膜残骸中的碎片。对于更微妙的情况，有多种实验可用于评估培养物中的细胞死亡。比如，最容易的台盼蓝排斥实验，其原理是拥有完整细胞膜的健康细胞排斥染料；解离或悬浮细胞可用血球计数板快速进行。活力实验可用于区分和定量活细胞，这些实验通过测定细胞功能如酶活、ATP生成、质膜功能和细胞粘附等评估细胞活力。
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